Neue Maßstäbe für Genomstandards

Foto: DNA-Sequenzierung

Mit dem neuen MIGS-Standard
können Daten aus der Umwelt und
den Genomen verknüpft werden;
© Nature Biotechnology

Inzwischen sind in den weltweit öffentlich zugänglichen Sequenzdatenbanken wie GenBank und EMBL die kompletten Genome von mehr als 1000 Einzellern (Bakterien und Archaeen) und 100 Eukaryoten (z. B. Pflanzen, Tiere, Algen) gespeichert. Zwei Wissenschaftler vom Bremer Max-Planck-Institut für marine Mikrobiologie sind mit im Genomics Standard Consortium-Team, das nahezu alle großen Datenbankprovider und Sequenzierzentren umfasst.

Professor Frank Oliver Glöckner sagt: "Wir arbeiten jetzt seit mehr als sieben Jahren im Bereich der marinen Umweltgenomik. Die neuen Standards bringen uns einen Riesenschritt voran, indem sie uns helfen werden unsere Umweltorganismen besser verstehen zu lernen"

Die Urheber der neuen Standards haben sich viele Gedanken gemacht, denn Standards leben davon, dass sie aktiv genutzt werden und den Export in andere Programme vereinfachen. Ähnlich wie bei der Entwicklung der Web Standards, die vor einigen Jahren das Internet revolutionierten und die Weiterentwicklung ermöglichen, soll der MIGS- Standard den molekularen Informationsfluss in der Biologie erleichtern.

Ziel des Konsortiums war es deshalb, mit den Betreibern der öffentlichen Sequenzdatenbanken wie zum Beispiel GenBank und EMBL, die Genominformationen so zu standardisieren, dass diese auch mit vielen zukünftigen Anwendungen kompatibel sind. Die neue Richtlinie des Genomics Standard Consortiums (GSC) nennt sich "Minimum Information about a Genome Sequence" (MIGS) und ist im Internet unter http://gensc.org einsehbar.

MEDICA.de; Quelle: Max-Planck-Institut für marine Mikrobiologie