"Das Ausmaß der kontinuierlichen strukturellen Evolution in diesen Krebsgenomen ist viel größer, als wir ursprünglich gedacht hatten, und es ist auch größer als es die Community gewöhnlich annimmt", sagt Dr. Roland Schwarz, Leiter der MDC-Arbeitsgruppe "Evolutionäre und Krebsgenomik" und einer der Hauptautoren der Studie.
Roland Schwarz und Tom Watkins, Erstautor der Studie und Doktorand am Francis Crick Institute, den Schwarz mitbetreut, haben in den letzten fünf Jahren gemeinsam ein Verfahren entwickelt, das diese umfassenden Mutationen detaillierter beschreiben kann. Die Veränderungen werden als somatische Kopienzahl-Änderungen bezeichnet und können Chromosomenarme oder sogar ganze Chromosomen umfassen. Sie sind also weitaus größer als Punktmutationen in einzelnen Genen. Die Forschenden interessierte insbesondere, ob Veränderungen an der mütterlichen oder väterlichen Kopie eines Chromosoms oder gar an beiden vorliegen und in welcher Reihenfolge sie auftreten.
"Wenn wir das Ausmaß der kontinuierlichen Instabilität der Chromosomen und die daraus resultierende Heterogenität der Kopienzahl verstehen, könnte das zukünftige Therapieansätze beeinflussen", sagt Watkins.
Mithilfe eines neuen Algorithmus namens "Refphase" und einer statistischen Analyse gelang es den Forschern, diese Detailgenauigkeit in den Haplotypen zu erreichen. Gemeinsam mit Kollegen wandten sie dieses Verfahren auf 1.421 Proben aus 394 Tumoren von 22 Tumorarten an. Entscheidend dabei war, dass diese Proben aus mindestens zwei verschiedenen Teilen des Tumors stammten, sodass die Forscher die Unterschiede zwischen den einzelnen Regionen vergleichen konnten.
"Solche Datensätze findet man immer noch recht selten. Es war daher für mich sehr spannend, mit der größten Datensammlung unterschiedlichster Krebsarten zu arbeiten, die auch Daten aus verschiedenen Bereichen der Tumoren umfasst", sagt Marina Petkovic, Co-Autorin der Studie und Doktorandin in Schwarz' Labor, das Teil des Berliner Instituts für Medizinische Systembiologie (BIMSB) des MDC ist.
MEDICA.de; Quelle: Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in der Helmholtz-Gemeinschaft
