Krankhaft veränderte Proteinmuster sicher erkennen

Wie zuverlässig und anwenderfreundlich die verschiedenen Verfahren sind, kann sich aber insbesondere bei der Untersuchung echter Patientenproben stark unterscheiden. Welche Kombination an Verfahren besonders gut geeignet ist, um die veränderten Proteinmuster in Erkrankungen zu erfassen, haben Forschende des Universitätsklinikums Freiburg nun gezeigt. Für die Analyse verglichen sie fast drei Millionen Auswertungen. Sie konnten dabei auch zeigen, dass bestimmte Open-Source-Programme für die Analyse der komplexen Daten sehr erfolgreich eingesetzt werden können. Die Studie erschien im Fachmagazin Nature Communications.

"Unsere Studie zeigt sehr deutlich, dass die Protein-Analyse ein geeignetes Mittel sein kann, um die Diagnostik, beispielsweise zu Krebs, künftig weiter zu verfeinern. Aber auch für viele andere Krankheiten wie Herz-Kreislauf-Erkrankungen könnte diese Form der Diagnostik künftig relevant werden“, sagt Ko-Studienleiter Prof. Dr. Oliver Schilling, Heisenberg-Professor für Translationale Proteomics am Institut für Klinische Pathologie des Universitätsklinikums Freiburg.

Die Forschenden untersuchten Lymphknotengewebe von 92 Krebspatientinnen und Patienten. Mittels Massenspektrometrie bestimmten sie Typ und Menge von mehr als 7.000 Proteinen. Die Messergebnisse analysierten sie gemeinsam mit Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Instituts für Biometrie und Statistik des Universitätsklinikums Freiburg und verglichen dabei 1.400 verfügbare Auswertprogramme in jeweils rund 2.100 unterschiedlichen Datensätzen. In der Studie zeigen sie nun, welche der rund 1.400 Kombinationen für die Analyse menschlicher Proben geeignet sind und welche nicht. "Damit haben wir eine wichtige Grundlage für die Entwicklung neuer Diagnostikverfahren geschaffen“, ergänzt Ko-Studienleiter Dr. Clemens Kreutz, Wissenschaftler am Institut für Medizinische Biometrie und Statistik (IMBI) des Universitätsklinikums Freiburg. In internationalen Forschungsverbünden gehen sie weiter der Frage nach, ob sich anhand entsprechend veränderter Proteinmuster der Verlauf oder ein Ansprechen auf eine Therapie absehen lässt.

MEDICA.de; Quelle: Universitätsklinikum Freiburg