Die einfachste Lösung hier sind FFP3-Masken (Filtering Facepiece Particle), die möglichst dicht über Mund und Nase des Trägers schließen müssen. Hinter dem Atemventil können verschiedene Filtermaterialien liegen, zum Beispiel Aktivkohle, die einen Großteil der Partikel aus der Luft filtern. Diese Masken haben allerdings den Nachteil, dass sie wirklich dicht auf dem Gesicht sitzen müssen. Dies hängt von der jeweiligen Physiognomie des Benutzers ab, aber auch Bärte können hier problematisch sein. Außerdem erschweren sie das Atmen über einen längeren Zeitraum.
Eine Alternative dazu sind tragbare Filtersysteme, die mit einem Helm oder einer Kapuze und einem dichtschließenden Visier kombiniert werden. Sie filtern die Atemluft durch HEPA-Filter (high efficiency particulate air filter), die durch feine Fasern auch Partikel abfangen, die kleiner als 1 µm sind. Bei diesen Systemen fällt das Atmen leichter und sie sitzen besser und sicherer als die FFP3-Masken. Generell gilt bei dieser Art von Ausrüstung aber, dass sie nicht unbegrenzt getragen werden kann, weil ihre Nutzung auch körperlich anstrengend ist und die Filtermaterialien gewechselt werden müssen.
Um ein Entweichen von Biostoffen in die Laborluft zu vermeiden, ist der Einsatz von mikrobiologischen Sicherheitswerkbänken üblich. Diese Arbeitsplätze können durch eine absenkbare Glasscheibe teilweise oder ganz geschlossen werden. Der Nutzer arbeitet dann durch den Spalt, der unter der geöffneten Frontscheibe entsteht. Damit keine Aerosole entweichen können, wird die Luft aus dem Inneren der Werkbank abgesaugt und durch Schwebstofffilter geleitet. Zusätzlichen Schutz bietet ein laminarer Luftstrom, der hinter der Frontscheibe nach unten geblasen und dort angesaugt wird. Dieser Luftstrom dient als zusätzliche Sperre für Partikel aus dem Inneren der Werkbank. Er ist sehr genau eingestellt und kann durch Geräte im Inneren der Werkbänke oder externe Turbulenzen im Labor, zum Beispiel durch die Klimaanlage, gestört werden.
Noch sicherer sind komplett geschlossene Werkbänke, in denen Handschuhe fest eingebaut sind, in die Mitarbeiter ihre Arme stecken. Arbeitsmaterialien müssen durch eine Schleuse hinein- oder herausgebracht werden. In beiden Arten von Werkbänken herrscht durch das ständige Absaugen der Luft zum Filter ein Unterdruck, der auch bei Beschädigung des Gehäuses Aerosole im Inneren zurückhält.