Das Computerprogramm, kurz LSD, steht für „Logisches Design von synthetischer cis-regulatorischer DNA“. Die Forschenden geben Gene und Transkriptionsfaktoren ein, die mit dem betreffenden Zellzustand in Verbindung stehen. Das Programm identifiziert dann DNA-Segmente wie Promotoren und Transkriptionsverstärker, die den Zustand der jeweiligen Zelle beeinflussen.
Aus diesen Abschnitten können die Forschenden dann ein Werkzeug namens sLCR bauen. Es besteht aus der am besten passenden Sequenz und einem DNA-Abschnitt, der ein fluoreszierendes Protein kodiert. „Man kann sich die sLCRs wie eine automatisierte Lampe vorstellen, die man in die Zelle einbaut. Sie schaltet sich nur dann ein, wenn die Zelle den jeweiligen Zustand erreicht, für den man sich interessier“, sagt Dr. Michela Serresi, eine Wissenschaftlerin in der Arbeitsgruppe von Gargiulo. Die Leuchtfarbe der „Lampe“ kann je nach Zustand variieren. Forschende können die Zellen also mithilfe der Fluoreszenz-Mikroskopie beobachten und anhand der Farbe sofort den Zustand zuordnen.